Будова та динаміка пірен-міченої поліакрилової кислоти: молекулярно-динамічне моделювання
Affiliation:
1 V. N. Karazin Kharkiv National University, Svobody sq., 4, 61022 Kharkiv, Ukraine
a.v.kyrychenko@karazin.ua
DOI:
https://doi.org/10.23939/chcht14.01.076
| Attachment | Size |
|---|---|
 full_text.pdf | 549.21 KB |
Keywords:
Abstract:
Розроблено атомістичну модель для молекулярно-динамічного моделювання (МД) нерозгалуженої поліакрилової кислоти (ПАК), яка містить два піренові зонди на кінцях ланцюга. За результатами МД моделювання будови та конформаційної поведінки пірен-міченої ПАК як функції ступеня дисоціації карбоксильних груп (α) встановлено, що піренові замісники здатні суттєво впливати на конформаційну поведінку ПАК. При кислому рН (α = 0) полімерний ланцюг ПАК згортається у форму глобули, при цьому два піренові замісника утворюють π-π стекінгові дімери. Однак, в лужному рН (α = 1) ПАК ланцюг розгортається та вивільняє піренові зонди у водне середовище.
References:
[1] Duhamel J.: 7-Pyrene Fluorescence to Study Polymeric Systems [in:] Chen P. (Ed.), Molecular Interfacial Phenomena of Polymers and Biopolymers. Woodhead Publishing, 2005, 214-248. https://doi.org/10.1533/9781845690830.2.214
[2] Saroj S., Rajput S.: Drug Dev. Ind. Pharm., 2018, 44, 1198. https://doi.org/10.1080/03639045.2018.1438467
[3] Wei M., Gao Y., Li X., Serpe M.: Polym. Chem., 2017, 8, 127. https://doi.org/10.1039/C6PY01585A
[4] Arora K., Hwang K., Turro N.: Macromolecues, 1986, 19, 2806. https://doi.org/10.1021/ma00165a025
[5] Kramer M., Steger J., Hu Y., McCormick C.: Macromolecules, 1996, 29, 1992. https://doi.org/10.1021/ma951087p
[6] Winnik F.: Chem. Rev., 1993, 93, 587. https://doi.org/10.1021/cr00018a001
[7] Costa T., Miguel Md., Lindman B. et al.: J. Phys. Chem. B, 2005, 109, 11478. https://doi.org/10.1021/jp050236v
[8] Pokhrel M., Bossmann S.: J. Phys. Chem. B, 2000, 104, 2215. https://doi.org/10.1021/jp9917190
[9] Farhangi S., Casier R., Li L. et al.: Macromolecules, 2016, 49, 9597. https://doi.org/10.1021/acs.macromol.6b02455
[10] Seixas de Melo J., Costa T., Miguel Md. et al.: J. Phys. Chem. B, 2003, 107, 12605. https://doi.org/10.1021/jp0346054
[11] Liu F., Urban M.: Prog. Polym. Sci., 2010, 35, 3. https://doi.org/10.1016/j.progpolymsci.2009.10.002
[12] Costa T., de Melo S., Castro C. et al.: J. Phys. Chem. B, 2010, 114, 12439. https://doi.org/10.1021/jp1020214
[13] Ramos J., Forcada J., Hidalgo-Alvarez R.: Chem. Rev., 2014, 114, 367. https://doi.org/10.1021/cr3002643
[14] Schmaljohann D.: Adv. Drug Delivery Rev., 2006, 58, 1655. https://doi.org/10.1016/j.addr.2006.09.020
[15] Wang S., Huang P., Chen X.: ACS Nano, 2016, 10, 2991. https://doi.org/10.1021/acsnano.6b00870
[16] Motornov M., Roiter Y., Tokarev I., Minko S.: Prog. Polym. Sci., 2010, 35, 174. https://doi.org/10.1016/j.progpolymsci.2009.10.004
[17] Gao Y., Ahiabu A., Serpe M.: ACS Appl. Mater. Inter., 2014, 6, 13749. https://doi.org/10.1021/am503200p
[18] Feng N., Dong J., Han G., Wang G.: Macromol. Rapid Commun., 2014, 35, 721. https://doi.org/10.1002/marc.201300863
[19] Payne W., Svechkarev D., Kyrychenko A., Mohs A.: Carbohydr. Polym., 2018, 182, 132. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2017.10.054
[20] Zhou X., Zhao K.: Phys. Chem. Chem. Phys., 2017, 19, 20559. https://doi.org/10.1039/C7CP02460F
[21] Qin S., Yong X.: Soft Matter., 2017, 13, 5137. https://doi.org/10.1039/C7SM00637C
[22] Katiyar R., Jha P.: Polymer, 2017, 114, 266. https://doi.org/10.1016/j.polymer.2017.03.007
[23] Sharma A., Smith J., Walters K., Rick S.: J. Chem. Phys., 2016, 145, 234906. https://doi.org/10.1063/1.4972062
[24] Patel K., Chockalingam R., Natarajan U.: Mol. Simul., 2017, 43, 691. https://doi.org/10.1080/08927022.2017.1295454
[25] Jha K., Desai S., Li J., Larson G.: Polymers, 2014, 6, 1414. https://doi.org/10.3390/polym6051414
[26] Reith D., Müller B., Müller-Plathe F., Wiegand S.: J. Chem. Phys., 2002, 116, 9100. https://doi.org/10.1063/1.1471901
[27] Chockalingam R., Natarajan U.: Mol. Simul., 2015, 41, 1110. https://doi.org/10.1080/08927022.2014.947481
[28] Sappidi P., Natarajan U.: J. Mol. Graphics Model., 2017, 75, 306. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.04.007
[29] Sulatha M., Natarajan U.: Ind. Eng. Chem. Res., 2011, 50, 11785. https://doi.org/10.1021/ie2014845
[30] Kyrychenko A., Korsun O., Gubin I. et al.: J. Phys. Chem. C, 2015, 119, 7888. https://doi.org/10.1021/jp510369a
[31] Kyrychenko A., Pasko D., Kalugin O.: Phys. Chem. Chem. Phys., 2017, 19, 8742. https://doi.org/10.1039/C6CP05562A
[32] Berendsen H., Grigera J., Straatsma T.: J. Phys. Chem., 1987, 91, 6269. https://doi.org/10.1021/j100308a038
[33] Bussi G., Donadio D., Parrinello M.: J. Chem. Phys., 2007, 126, 014101/1. https://doi.org/10.1063/1.2408420
[34] Darden T., York D., Pedersen L.: J. Chem. Phys., 1993, 98, 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
[35] Hess B., Bekker H., Berendsen H., Fraaije J.: J. Comput. Chem., 1997, 18, 1463. https://doi.org/10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18:12<1463::AID-JCC4>3.0.CO;2-H
[36] Hess B.: J. Chem. Theory Comput., 2008, 4, 116. https://doi.org/10.1021/ct700200b
[37]Van Der Spoel D., Lindahl E., Hess B. et al.: J. Comput. Chem., 2005, 26, 1701. https://doi.org/10.1002/jcc.20291
[38] Humphrey W., Dalke A., Schulten K.: J. Mol. Graphics, 1996, 14, 33. https://doi.org/10.1016/0263-7855(96)00018-5
[39] Kyrychenko A.: Method. Appl. Fluoresc., 2015, 3, 042003/1. https://doi.org/10.1088/2050-6120/3/4/042003
[40] Laguecir A., Ulrich S., Labille J. et al.: Eur. Polym. J., 2006, 42, 1135. https://doi.org/10.1016/j.eurpolymj.2005.11.023
[41] Van Der Spoel D., Lindahl E., Hess B. et al.: Gromacs user manual version 4.5.4. www.gromacs.org, 2010.
[42] Svechkarev D., Kyrychenko A., Payne W., Mohs A.: Soft Matter., 2018, 14, 4762. https://doi.org/10.1039/C8SM00908B
The journal is accepted into Emerging Sources Citation Index (ESCI) - new index in the Web of Science™ Core Collection
The journal is indexed in the international scientometric databases:
